仕入税額控除の適用を受けるためには、課税仕入れ等の事実を記載した帳簿及び請求書等の両方を保存する必要があります。なお、取引の実態を踏まえ、税込みの支払額が30,000円未満の場合には、請求書等の保存を要せず、法定事項が記載された帳簿の保存のみでよいこととされています。

また、税込みの支払額が30,000円以上であっても請求書等の交付を受けなかったことにつきやむを得ない理由がある場合には請求書等の保存がなくても仕入税額控除ができますが、この場合には、法定事項を記載した帳簿にそのやむを得ない理由及び相手方の住所又は所在地を記載しなければならないこととされています。

また、課税仕入れの事実を記載した帳簿、請求書等はその閉鎖又は受領した日の属する課税期間の末日の翌日から2か月を経過した日から7年間保存することとされていますが、6年目と7年目については、いずれか一方を保存すればよいこととされています。